蘭嶼名勝五孔洞為集塊岩或凝灰質集塊岩所構成，凝灰質集塊岩之塊礫為黑色不規則狀玄武岩或玄武岩質輝石安山岩，其粒徑大小由數公分至數公尺不等，普遍有不規則之氣孔，氣孔多者類似火山渣或為基性浮岩之狀，氣孔常為碳酸鈣之霰石充填，少數礫塊為綠色角礫狀之蛇紋岩，其基質為火山灰、砂、礫等，或粗細顯著分明之層狀，或大小相雜而無層理。侵入之基性岩脈為粗粒玄武岩，其所形成之柱狀節理垂直於該脈之兩側界面。