馬公航空站位於湖西鄉，全名為「交通部民用航空局馬公航空站」，由民國46年起，由民航空運公司開始營運，民國66年8月成立馬公航空站並開航，航站面積為37906平方公尺，跑道長度為-長3000公尺，寬45公尺。並備有消防車輛：3000加侖泡沫消防車三輛，1500加侖泡沫消防車一輛。
由於澎湖地區對外運輸駐要仰賴空運，加上觀光旅遊蓬勃發展，迄民國八十三年馬公機場全年營運量已達一七九萬餘人次。基於長期發展需要，民航局乃於既有航站區西南側新購土地約十一公頃，籌劃航空站擴建。
馬公航空站原有航廈為地上兩層建築物，樓地板面積僅五、○八六平方公尺，新建之航站大廈以年旅客量四○一萬人次為設計容量，為地下一層地上三層建築物，樓地板面積達三七、九○六平方公尺，樓高一八．四五公尺，空間甚為敞舒適。
馬公機場民航站區擴建工程於91.9.27完工啟用，提昇了澎湖居民對外空中運輸之品質，未來配合澎湖縣各項觀光活動之推廣，可提供旅客現代化空中運輸門戶，舒適寬敞的航廈空間，為澎湖地區對外空中交通建設開啟新紀元。

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