明太祖為靈谷寺親題 天下第一禪林匾額懸於寺內，明代的靈穀寺曾經占地500畝、寺被僧人1000余名、下轄12座佛寺。

進入靈穀公園紅山門正門，以公園為中心分界，景點佈局分為三大部分。西邊景點多與神僧寶志有關，包括志公殿、寶公塔、三絕碑、飛來剪、蟠龍石等等，古跡古樸，而且還有極為傳奇的神話寓言。中間部分有國民革命軍陣亡將士公墓系列建築和遺址。包括祭堂——無梁殿，這也是我國最古老、規模最大的拱券結構建築；陣亡將士紀念碑，現名松風閣；陣亡將士紀念塔，又稱靈穀塔或九層塔，可以登塔俯瞰金陵全景。

東邊有佛教名寺——靈穀寺，寺中殿宇參差、香火興旺，尤其是玄奘法師頂骨舍利為佛家珍寶。靈谷寺廟再向東，有民國時期兩位要人之墓——鄧演達墓和譚延墓。